北京大学深圳医院原名“深圳市中心医院”，是深圳市投资建成的现代化综合性医院。医院于1999年底建成开业，2001年9月，深圳市与北京大学、香港科技大学合作，医院更名为“北京大学深圳医院”和“北京大学深圳临床医学院”，纳入北京大学附属医院管理体系。2011年，经广东省医院评审委员会评审，认定为三级甲等医院。
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