复旦大学附属儿科医院厦门分院（厦门市儿童医院）系厦门市卫生和计划生育委员会管理的全民事业单位，是厦门市委、市重大民生工程建设项目，建设发展目标是建成集医疗、教学、科研、预防保健为一体的海峡西岸一流的三级甲等儿童专科医院。医院由复旦大学附属儿科医院负责管理。
2014年6月1日开始运营。
医院重点科室有NICU、PICU、新生儿科、小儿呼吸内科、小儿消化内科、小儿神经内科、小儿心血管科、中医儿科、新生儿外科、小儿普外科、小儿骨科、小儿泌尿外科、儿童保健中心、康复医学中心等，配有洁净手术室。
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