小儿智力低下的成因复杂，可分为先天因素与后天因素，部分由多种因素共同作用引发，且多数成因发生在胎儿期和婴幼儿期。先天因素占主要比例，包括染色体异常如唐氏综合征，基因缺陷导致的先天性代谢疾病，以及孕期母体受病毒感染、接触放射线、服用致畸药物、重度贫血或缺氧，都会影响胎儿大脑发育。此外，早产、难产、新生儿窒息、颅内出血等产时损伤，会造成宝宝脑部缺氧缺血，引发智力发育障碍。
后天因素多为婴幼儿期的脑部损伤与疾病，如脑炎、脑膜炎、颅脑外伤，以及长期营养不良、甲状腺功能低下、听力视力障碍等，会阻碍大脑正常发育。还有部分患儿因家庭环境缺乏教育刺激，也会影响智力发展。智力低下早筛查、早干预至关重要，孕期产检、新生儿筛查能有效排查部分先天问题。
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