直肠炎的病因复杂多样，主要与感染、免疫异常、物理化学刺激及其他肠道疾病蔓延相关。感染因素是常见诱因，包括细菌、病毒、寄生虫等病原体感染，如不洁饮食导致的沙门氏菌、志贺菌感染，或长期滥用抗生素引发的肠道菌群失调，都可能刺激直肠黏膜引发炎症。
免疫功能异常也是重要原因，自身免疫性疾病可能导致机体错误攻击直肠黏膜，引发慢性炎症。此外，长期饮食辛辣刺激、酗酒，或粪便干结摩擦直肠黏膜，以及放射性治疗、药物刺激等物理化学因素，会损伤直肠黏膜屏障，诱发炎症。另外，溃疡性结肠炎、克罗恩病等肠道疾病蔓延，或直肠脱垂、痔疮等肛肠疾病的长期刺激，也可能继发直肠炎。
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