子宫内膜异位症的发病原因尚未完全明确，目前认为与多种因素相关，核心机制可能是子宫内膜组织“异位”生长在子宫腔外。
最被广泛认可的是“经血逆流”学说，即经期经血携带子宫内膜组织倒流至盆腔，在卵巢、输卵管等部位种植生长。此外，遗传因素也有影响，有家族史的女性患病风险更高。
长期雌激素刺激、多次妇科手术（如剖宫产、人流）、经期剧烈运动等，可能增加发病概率。这类因素会破坏盆腔环境或促进内膜组织异常迁移，引发疼痛、不孕等症状。
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