大便失禁的病因复杂，核心与肛门括约肌功能障碍、神经损伤、肠道功能异常及其他全身性因素相关。肛门括约肌是控制排便的关键，括约肌损伤或松弛是常见诱因，如分娩时产道扩张导致的括约肌撕裂、肛周手术后遗症，或年龄增长引发的括约肌退行性变，都会导致控便能力下降。
神经损伤也会诱发大便失禁，如脊髓损伤、脑卒中、帕金森病等，会破坏大脑与肛周的神经传导，导致排便信号紊乱。此外，肠道功能异常，如慢性腹泻、炎症性肠病，会使粪便性状改变、排便次数增多，超出括约肌控制能力；糖尿病、老年痴呆等全身性疾病，或长期便秘导致的直肠感觉减退，也可能引发大便失禁。部分患者还可能因心理因素导致功能性控便异常。
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