疱疹反复发作的核心原因，是疱疹病毒的潜伏感染特性，这也是该疾病难以彻底根治的关键。
常见的单纯疱疹病毒和水痘-带状疱疹病毒，在初次感染人体后，会在皮肤黏膜引发水疱、疼痛等症状。当免疫系统暂时压制住病毒后，病毒并不会被完全清除，而是会潜伏在神经节内“休眠”，如单纯疱疹病毒多潜伏在三叉神经节，带状疱疹病毒则潜伏在脊髓后根神经节。
当人体免疫力下降时，潜伏的病毒会被激活，再次大量繁殖，并沿着神经通路侵犯皮肤黏膜，导致疱疹复发。诱发免疫力下降的因素包括熬夜、过度劳累、精神压力大、感冒发热、长期使用激素或免疫抑制剂等。
此外，部分患者治疗不彻底，在症状刚缓解时就停药，也会让残留病毒有机会潜伏，增加复发概率。
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