肛瘘多由肛门直肠周围脓肿发展而来，是肛周感染的慢性阶段，其形成与感染、局部结构损伤等因素密切相关。最主要原因是肛门脓肿自行破溃或切开引流后，未完全愈合的脓腔会形成慢性炎性管道，一端连通肛管直肠（内口），一端开口于肛周皮肤（外口），反复感染导致肛瘘迁延不愈。
此外，肛腺感染是根本诱因，粪便残留、肛腺导管堵塞引发的细菌繁殖，会先形成脓肿，进而发展为肛瘘；肛裂、痔疮等肛肠疾病长期不愈，会破坏肛周组织屏障，增加感染风险；糖尿病、免疫力低下、长期服用激素等，会降低机体愈合能力，让感染更易转为慢性肛瘘。
少数情况下，肛周外伤、结核感染等也可能诱发肛瘘。早期规范治疗肛门脓肿，可显著降低肛瘘发生率，出现相关症状需及时就医干预。
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