睾丸发育不全的成因复杂，主要与遗传、激素、疾病及环境等因素相关，需结合年龄和症状综合判断。
遗传因素是核心诱因，染色体异常如克氏综合征，会直接导致睾丸发育障碍，影响生精功能和激素分泌。
激素分泌异常也关键，胎儿期促性腺激素分泌不足，或青春期雄激素缺乏，会阻碍睾丸正常发育；甲状腺功能减退、肾上腺疾病等，也可能干扰激素平衡。
疾病与损伤不可忽视，童年期患流行性腮腺炎并发睾丸炎、睾丸外伤或手术损伤，会直接破坏睾丸组织；长期慢性感染、精索静脉曲张，可能影响睾丸血供和发育。
此外，长期接触重金属、化学毒物，或青春期前过度肥胖、营养不良，也可能间接抑制睾丸发育。
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