先天性脊柱裂的核心病因是胚胎发育时期神经管闭合不全，与遗传、环境等多种因素相关。遗传因素是重要诱因，家族中有神经管畸形病史的，后代患病风险会显著升高。
母体孕期因素影响关键，孕早期缺乏叶酸是主要危险因素，叶酸不足会阻碍神经管正常闭合；孕期感染病毒（如风疹病毒、巨细胞病毒）、服用致畸药物（如部分抗癫痫药），或接触放射线、重金属等有毒物质，都可能干扰胚胎发育。
此外，母体孕期患有糖尿病、营养不良、吸烟酗酒等，也会增加胎儿患病概率。先天性脊柱裂的发生是遗传与环境因素共同作用的结果，孕早期补充叶酸、规避不良环境，能有效降低发病风险。
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