免疫性不孕是因免疫系统异常攻击生殖细胞或受精卵导致，核心是机体免疫平衡被打破，主要原因可归为三类。首先是自身免疫异常，女性体内产生抗子宫内膜抗体、抗卵母细胞抗体等，会损伤子宫内膜或卵子，影响受精卵着床；男性出现抗精子抗体，会附着在精子表面，降低精子活力、阻碍精子与卵子结合。
其次是生殖系统炎症或损伤，盆腔炎、子宫内膜炎、附睾炎等炎症，或人工流产、宫腔手术导致的生殖器官损伤，会让生殖细胞暴露在免疫系统中，诱发机体产生针对性抗体，引发免疫反应。
最后是免疫调节紊乱，长期精神压力大、作息不规律、内分泌失调，会打乱免疫系统平衡；某些自身免疫性疾病（如系统性红斑狼疮），也会间接影响生殖系统免疫环境，增加免疫性不孕概率。
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