肛周脓肿早期多由肛门周围腺体感染引发，根源与细菌入侵、局部抵抗力下降密切相关，及时明确原因可降低病情加重风险。
最主要原因是肛腺感染。肛门内有多个肛腺，负责分泌液体润滑肠道，若肛腺开口被粪便堵塞，细菌（多为大肠杆菌、金黄色葡萄球菌）会大量繁殖，引发肛腺炎。炎症扩散到肛周间隙，就会形成脓肿，早期常表现为肛门周围隐痛、肿胀。
此外，肛周局部损伤也会诱发感染，比如排便时过于用力导致肛门黏膜破损，或肛门检查、手术操作造成微小伤口，细菌趁机侵入；长期便秘、腹泻会反复刺激肛门，破坏局部皮肤屏障，降低抵抗力，增加感染概率。糖尿病、免疫力低下人群，因抗感染能力弱，也更容易出现肛周脓肿。
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