小儿尿路梗阻多与先天发育异常相关，少数由后天因素引发，不同年龄段病因侧重略有差异，需结合具体情况判断。
婴幼儿期最主要的原因是先天尿路结构异常：如肾盂输尿管连接处狭窄，这是儿童肾积水最常见的病因，因输尿管起始段发育不良，导致尿液排出受阻；还有后尿道瓣膜，多见于男婴，尿道内瓣膜样结构阻碍尿液流出，易引发膀胱、肾损伤。此外，先天性膀胱输尿管反流，因输尿管膀胱连接部功能异常，尿液反流至输尿管甚至肾脏，长期也可能诱发梗阻。
学龄儿童除先天因素外，还可能因后天疾病导致梗阻，如泌尿系统结石（多与饮食、代谢异常相关）堵塞尿道或输尿管；泌尿系统感染引发的炎症粘连，也可能压迫尿路导致通畅度下降。少数情况下，盆腔肿瘤、外伤等也会造成尿路梗阻，需及时通过影像学检查明确病因。
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