颅咽管瘤术后可能出现多种后遗症。因肿瘤多位于鞍区，手术易损伤垂体及下丘脑，可能引发内分泌紊乱，如甲状腺、肾上腺功能低下或尿崩症，需长期激素替代治疗。视神经受压者术后视力可能未完全恢复，甚至加重。部分患者会出现脑积水，需进一步处理。此外，还可能有食欲异常、体温调节障碍或认知功能轻度影响，需长期随访与对症管理。
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