咽峡炎主要由感染因素引发。病毒感染最为常见，如柯萨奇病毒、肠道病毒，此类病毒传染性强，常通过呼吸道飞沫、接触被污染的物品传播，在幼儿园、学校等人员密集场所易引发流行。感染后，病毒会侵袭咽峡部黏膜，引发炎症反应，导致发热、咽痛、咽峡部疱疹或溃疡等症状。
细菌感染也是诱因之一，以A组乙型溶血性链球菌为主，当口腔卫生不佳、扁桃体隐窝内存留细菌时，在身体抵抗力下降的情况下，细菌大量繁殖并侵入咽峡部，引发急性咽峡炎。
此外，人体自身抵抗力降低是重要的内在因素。过度劳累、熬夜、营养不良等，会削弱免疫系统功能，使机体难以抵御病原体入侵。同时，季节变化、气温骤降等环境因素，也会增加患病风险，寒冷、干燥的空气刺激咽峡部黏膜，使其防御能力下降，从而更易被病原体感染。
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