免疫性不孕主要由免疫系统对生殖细胞或生殖器官产生异常免疫反应所致。抗精子抗体是常见诱因，当男性血睾屏障受损，如生殖系统炎症、外伤等，精子进入血液循环，免疫系统将其识别为外来抗原，产生抗精子抗体。这种抗体可凝集精子、抑制精子活动，阻碍精子与卵子结合。在女性体内，生殖道感染、经期性生活等，也会使免疫系统接触精子，产生抗精子抗体，干扰受精过程。
此外，抗子宫内膜抗体、抗卵巢抗体等自身抗体的出现，同样会引发免疫性不孕。抗子宫内膜抗体可影响子宫内膜细胞功能，干扰胚胎着床;抗卵巢抗体则损害卵巢组织，影响卵泡发育和排卵。同时，机体免疫调节失衡，如细胞免疫与体液免疫功能紊乱，也会打破生殖免疫耐受状态，使免疫系统攻击生殖相关细胞和组织，最终导致免疫性不孕。
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