阴茎短小不发育可能由先天与后天因素共同导致。先天性因素中，染色体异常，如克兰费尔特综合征，会影响性腺发育，致使雄性激素分泌不足，进而阻碍阴茎生长;胚胎发育时期，生殖器官育受干扰，如尿道下裂、隐匿性阴茎等畸形，也会表现为阴茎外观短小。
后天因素方面，青春期营养不良，缺乏蛋白质、锌、硒等关键营养素，无法为阴茎发育提供充足物质基础;长期患有慢性疾病，像肾功能不全、糖尿病，会干扰内分泌系统，影响雄性激素的正常分泌与作用。此外，过度肥胖使耻骨前脂肪堆积，会掩盖阴茎体，造成阴茎短小的假象;心理压力过大或滥用药物等不良习惯，也可能对阴茎发育产生负面影响。
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