肛瘘的形成主要源于肛管直肠周围脓肿，这一过程较为复杂。首先，肛腺感染是关键起始点，因肛腺开口于肛窦，当粪便残渣滞留其中，易引发细菌滋生、感染，进而蔓延至肛管直肠周围间隙，形成脓肿。脓肿自行破溃或经手术切开引流后，脓腔逐渐缩小，但由于引流不畅，腔壁会形成慢性炎症性肉芽组织，最终纤维化，导致管道形成，发展为肛瘘。
此外，一些全身性疾病也可能诱发肛瘘。如克罗恩病，它会引起肠道炎症，累及肛门周围组织，增加肛瘘发病几率;糖尿病患者因血糖高，机体抵抗力下降，易发生感染，也会提高肛瘘患病风险。同时，肛门部位受到外伤、异物残留，或者长期腹泻、便秘，刺激肛管直肠黏膜，同样可能引发感染，进而导致肛瘘。
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