输卵管性不孕主要由以下原因导致。炎症是首要因素，盆腔炎、阑尾炎等炎症蔓延，会使输卵管黏膜粘连、管腔狭窄或堵塞;淋病、衣原体、支原体等性传播疾病感染，也会引发输卵管炎症，破坏其正常功能。
其次，盆腔或腹部手术，如剖宫产、子宫肌瘤剔除术等，术后可能出现粘连，累及输卵管;宫外孕手术处理不当，同样会损伤输卵管。再者，子宫内膜异位症会使子宫内膜细胞在输卵管生长，干扰正常蠕动和拾卵功能。
此外，输卵管先天发育异常，如输卵管过长、肌层发育不良，也会影响受孕。还有输卵管功能异常，如纤毛运动障碍，即便输卵管通畅，也难以完成运送精子、卵子及受精卵的任务。
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