肛瘘的主要成因是肛门直肠周围脓肿破溃或切开引流后，脓腔逐渐缩小，但引流不畅，导致感染迁延不愈，最终形成管道。肛管直肠部位是细菌易滋生区域，当肛门腺感染化脓，炎症向周围蔓延，就会引发肛周脓肿，脓肿破溃后，便可能发展为肛瘘。
此外，一些全身性疾病也会增加肛瘘的发病风险。如克罗恩病，会累及肠道全层，引发炎症，波及肛门直肠部位时，容易导致肛瘘;糖尿病患者由于血糖控制不佳，身体抵抗力下降，肛周组织抗感染能力减弱，也更易发生感染形成肛瘘。不良生活习惯同样不容忽视，长期便秘或腹泻，会反复刺激肛管直肠，损伤局部组织，为细菌入侵创造条件;久坐、局部卫生清洁不到位，也会使肛门部位易受细菌侵袭，增加肛瘘出现的可能性。
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