阴道不孕由多种因素造成。结构异常方面，先天性无阴道、阴道横隔、处女膜闭锁等畸形，会阻碍精子进入，影响受孕。例如，阴道横隔可能形成阻隔，使精子难以通过阴道到达输卵管与卵子结合 。
炎症感染也是重要诱因，阴道炎、宫颈炎等炎症会改变阴道内环境，使分泌物增多且性状改变，精子在不适宜的酸性环境中活力下降，存活时间缩短，还可能被炎性细胞吞噬。此外，衣原体、支原体等病原体感染，会引发局部免疫反应，干扰精子功能。
免疫因素同样不可小觑，部分女性体内存在抗精子抗体，当精子进入阴道后，抗体会与精子结合，阻碍精子的活动和获能，影响受精过程，从而导致不孕。
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