多种疾病都可能引发习惯性流产。生殖系统疾病首当其冲，子宫畸形如双角子宫、纵隔子宫，会影响胚胎着床与发育;宫颈机能不全，宫颈口松弛，难以维持妊娠，易在孕中期发生流产;子宫肌瘤、子宫内膜息肉等，会改变宫腔内环境，干扰胚胎生长。
内分泌失调也是重要因素，多囊卵巢综合征患者排卵异常、激素水平紊乱，黄体功能不全导致孕激素分泌不足，无法为胚胎发育提供良好条件;甲状腺功能减退或亢进，会影响胎儿神经系统发育，增加流产风险。此外，抗磷脂综合征等自身免疫性疾病，会使体内产生抗磷脂抗体，引发血栓形成，阻碍胎盘血液循环，致使胚胎缺氧死亡。这些疾病相互作用，极大提高了习惯性流产的发生率。
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