试管婴儿技术虽帮助众多不孕家庭圆梦，但也存在不可忽视的弊端。对母体而言，促排卵过程中，需注射大量激素药物，可能引发卵巢过度刺激综合征，出现腹胀、腹痛、腹水，甚至导致肝肾功能损害;取卵操作存在感染、出血风险，还可能损伤膀胱、肠道等邻近器官。
在胎儿方面，试管婴儿多胎妊娠率较高，而多胎会增加孕妇早产、妊娠高血压、糖尿病等并发症风险，胎儿也易出现低体重、发育迟缓等问题;此外，有研究表明，试管婴儿出生缺陷率可能略高于自然受孕婴儿，如先天性心脏病、神经管畸形等。另外，试管婴儿技术还可能引发伦理争议，如胚胎冷冻、多胎减胎等问题，同时其高昂费用也给家庭带来较大经济负担。
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