子宫腺肌症的发病机制复杂，主要与子宫内膜基底层损伤有关。多次人工流产、剖宫产、诊断性刮宫等宫腔操作，会破坏子宫内膜的完整性，使基底层内膜细胞侵入子宫肌层，在月经周期激素变化的影响下，这些细胞反复出血，导致子宫肌层增厚，引发腺肌症。
此外，遗传因素在发病中也起一定作用，家族中有子宫腺肌症病史的女性，患病风险相对更高。雌激素水平过高同样是重要诱因，肥胖、长期服用含雌激素的保健品或药物，会使体内雌激素持续处于高水平状态，刺激子宫内膜过度生长并侵入肌层。子宫先天结构异常，如子宫畸形、宫颈狭窄，影响经血正常排出，导致宫腔压力增加，也可能促使子宫内膜向肌层生长，诱发子宫腺肌症。
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