肛瘘的形成多源于肛门直肠周围脓肿。当肛腺感染发炎后，炎症会沿着肛门周围组织间隙扩散，形成脓肿。若脓肿未得到及时、有效的治疗，自行破溃或经切开引流后，脓腔逐渐缩小，但由于引流不畅，新生的肉芽组织增生，腔壁纤维化，就会形成一个与肛门相通的管道，即肛瘘。
此外，一些全身性疾病也会增加肛瘘形成风险。如克罗恩病、溃疡性结肠炎等肠道炎症，会破坏肠道正常结构和功能，引发肛门局部感染;糖尿病患者因血糖控制不佳，身体抵抗力下降，也容易导致肛周感染，进而发展为肛瘘。长期便秘或腹泻，会反复刺激肛门直肠黏膜，损伤肛腺，为细菌入侵创造条件，也是肛瘘形成的潜在因素。这些因素相互作用，最终促使肛瘘的发生。
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