肛瘘的形成主要源于感染。肛门直肠周围脓肿是引发肛瘘的关键因素，当肛腺感染化脓后，脓肿自行破溃或经手术切开引流，脓腔逐渐缩小，但因引流不畅，脓腔壁纤维化，形成了一端开口于肛管内，另一端开口于肛周皮肤的管道，即肛瘘。
此外，肛门直肠部位的损伤也可能诱发肛瘘。异物、外伤或手术等导致肛门直肠组织破损，细菌趁机侵入，引发感染，若处理不当，炎症迁延不愈，便会形成肛瘘。一些全身性疾病，如克罗恩病、溃疡性结肠炎，会破坏肠道正常结构和功能，影响局部免疫力，使得肛门直肠更容易发生感染，增加肛瘘发生风险。同时，长期便秘或腹泻，频繁刺激肛门直肠，也会对肛腺造成损伤，为肛瘘形成埋下隐患。了解这些病因，有助于针对性地预防和治疗肛瘘 。
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