直肠癌的发病原因并不完全明确，是多种因素共同作用的结果。
饮食因素至关重要。长期高动物蛋白、高脂肪和低纤维饮食，会改变肠道微生态，促使致癌物产生，增加患癌风险。像油炸食品、红肉摄入过多，蔬果食用过少，就易诱发疾病。
遗传因素也不可忽视。约 20%-30% 的直肠癌患者有家族史，若家族中有亲属患癌，个体发病几率会显著上升，如遗传性非息肉病性结直肠癌等遗传综合征，就大大提高了患病可能性。
肠道疾病也与直肠癌相关。溃疡性结肠炎、克罗恩病等炎症性肠病，长期炎症刺激肠黏膜，引发细胞异常增生，可能逐渐发展为癌。此外，大肠腺瘤是重要的癌前病变，尤其是绒毛状腺瘤，癌变风险较高。年龄增长、肥胖、吸烟、缺乏运动等因素，也在直肠癌发病中起到一定作用 。
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