肛周脓肿多由感染引发。肛腺感染是最常见因素，由于肛腺开口于肛窦，而肛窦易藏污纳垢，细菌侵入肛腺后大量繁殖，引发炎症，炎症向肛周组织蔓延，进而形成脓肿。像大肠杆菌、金黄色葡萄球菌等常见致病菌，便是 “罪魁祸首”。
肛门腺阻塞同样关键。饮食辛辣、长期便秘或腹泻等，会刺激肛门腺，导致其分泌功能失调，腺管堵塞，分泌物潴留，为细菌滋生创造条件，最终引发脓肿。
此外，全身性因素也不可忽视。糖尿病患者血糖控制不佳，机体免疫力下降，对细菌的抵抗力减弱，肛周组织更易被细菌侵袭，发生感染形成脓肿。长期使用免疫抑制剂的人群，因免疫功能受抑制，也易受病菌侵害，增加肛周脓肿发病几率。
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