子宫内膜薄由多种因素引发。内分泌紊乱首当其冲，雌激素是促使子宫内膜生长的关键激素，若卵巢功能衰退、多囊卵巢综合征等致使雌激素分泌不足，子宫内膜便难以正常增厚。像更年期女性，卵巢功能渐弱，雌激素水平降低，常出现子宫内膜薄的情况。
人流手术对子宫内膜伤害极大。多次刮宫操作，会过度损伤子宫内膜基底层，使其修复能力下降，新内膜生长受限，导致内膜变薄，这也是不少有流产史女性面临的问题。
某些药物也可能是诱因，长期服用复方短效避孕药，影响体内激素平衡，抑制子宫内膜生长。还有一些抗肿瘤药物，在杀伤癌细胞时，也会对正常的子宫内膜细胞产生不良影响，造成内膜变薄。此外，子宫动脉粥样硬化等局部血运障碍，也会因供血不足，阻碍子宫内膜生长。
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