阴茎短小受多种因素影响。遗传是关键因素之一，如同身高、外貌等受家族基因支配，阴茎的大小在很大程度上由遗传决定。若家族中存在阴茎短小的遗传倾向，个体出现阴茎短小的概率也会增加。
在生长发育阶段，激素水平对阴茎发育起着重要作用。睾酮是促进男性生殖器官发育的关键激素，青春期时，若下丘脑 - 垂体 - 性腺轴功能异常，导致睾酮分泌不足，阴茎的生长发育便会受到抑制，难以达到正常尺寸。
此外，后天的一些因素也不容忽视。肥胖是常见原因，过多的脂肪组织会堆积在阴茎根部，使阴茎外观显得短小。某些疾病，如睾丸炎、隐睾症等，若在青少年时期未得到及时治疗，影响了生殖器官的正常发育，也可能造成阴茎短小。
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