阴茎短小成因复杂，遗传因素占主导地位。家族遗传基因在阴茎发育中起到关键作用，若家族中存在阴茎短小的遗传倾向，后代出现该问题的概率会显著增加。
激素水平异常也是重要原因。在男性生长发育过程中，雄激素对阴茎发育至关重要。青春期时，下丘脑 - 垂体 - 性腺轴功能若出现障碍，导致雄激素分泌不足，阴茎就无法得到足够刺激正常生长。比如先天性睾丸发育不全，使得睾丸分泌雄激素的能力降低，进而影响阴茎发育。
此外，在胚胎发育阶段，若受到外界不良因素干扰，如孕妇孕期接触致畸物质、遭受病毒感染等，可能导致阴茎发育异常，出现阴茎短小的情况。部分肥胖男性因耻骨前脂肪堆积，阴茎体部分埋藏于脂肪内，外观上也会显得阴茎短小。了解这些病因，有助于正确认识阴茎短小问题，必要时可寻求专业医疗帮助。
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