百日咳是由百日咳杆菌引起的急性呼吸道传染病，若未得到有效控制，易引发多种并发症。呼吸系统首当其冲，常见的有肺炎，百日咳病程中，呼吸道黏膜受损，免疫力下降，细菌、病毒等病原体乘虚而入，引发肺部感染，患者出现发热、咳嗽加重、呼吸急促等症状。
神经系统也可能受影响，惊厥较为常见，尤其在幼儿群体中。长时间剧烈咳嗽，会导致脑部缺氧，引发惊厥，严重时可能造成脑损伤，影响孩子智力发育。
消化系统同样会出现问题，频繁剧烈咳嗽易引发呕吐，长期如此，会导致营养摄入不足，影响患者生长发育，特别是儿童患者，可能出现体重不增、消瘦等情况。此外，剧烈咳嗽还可能引起疝气，尤其是本身存在腹壁薄弱的患者，腹腔内压力反复升高，促使腹腔脏器通过薄弱部位突出，形成疝气。
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