肛裂的形成原因多样。便秘是首要因素，干结的粪便在排出时，如同坚硬的异物，需极大的压力才能通过肛门。这会对肛管皮肤造成机械性损伤，使其撕裂，进而形成肛裂。长期如此，肛裂还易反复不愈。
肛门局部感染也是重要原因。肛管周围发生炎症，如肛窦炎，炎症蔓延至肛管皮肤，使皮肤弹性降低，脆性增加，在排便时稍受外力，就容易引发肛裂。
此外，肛门括约肌痉挛不容忽视。精神紧张、局部炎症刺激等，都可能导致肛门括约肌持续处于紧张状态。这会使肛管压力升高，血运不畅，肛管皮肤因缺血而变得脆弱，轻微的排便刺激就可能引发肛裂。另外，一些特殊的饮食偏好，长期大量食用辛辣刺激性食物，也会影响肛管局部的血液循环，增加肛裂的发生几率。
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